吉林省自然博物馆创建于1987年5月12日,前身为吉林省博物馆自然部,原隶属于吉林省文化厅,原馆址位于长春市光复北路3号。2001年1月1日,吉林省政府为让自然博物馆获得更好发展并发挥更大功能,决定将吉林省自然博物馆整建制地划给东北师范大学,保留省自然博物馆牌子,保留独立事业法人地位。2001年5月9日,东北师范大学决定设立东北师范大学自然博物馆,至此形成独特的一馆二牌。馆藏标本共96698件(截止到2016年底),主要反映吉林省生物多样性以及自然资源状况,包括动物、植物、古生物、岩石、矿物、土壤、人体等标本类别。标本多以反映吉林省自然环境资源为主,兼有一定数量非本省分布的国家重点保护动物标本。