1937年日军在南京组织的大规模屠杀，30万死难者部分从葬坑遗迹。包含江东门、中山陵西洼子村、挹江门、清凉山、煤炭港、北极阁、中山码头、汉中门、草鞋峡、上新河、五台山、南京大学、燕子矶、鱼雷营、花神庙、正觉寺、普德寺共17处遗址，本体有残损。分别归属于侵华日军南京大屠杀遇难同胞纪念馆、南京市鼓楼区、秦淮区、建邺区、玄武区、栖霞区、雨花台区各文物管理所，中山陵园管理局管理。
新四军重建军部旧址位于江苏省盐城市建军西路118号泰山庙。1941年1月，新四军于皖南事变后在革命老区盐城重建军部。同年2月27日军部驻庙内。泰山庙建有三殿两厢：前殿曾被日军焚毁，现已修复。正殿为新四军司令部作战室。后殿为藏经楼，东西厢房各三幢。
苏皖边区政府旧址位于江苏省淮安市，1985年经中共中央批准成立纪念馆，2008年5月1日起对观众实行免费开放，年接待游客60万人次。现为全国重点文物保护单位，国家AAA级旅游景区，国家三级博物馆。苏皖边区政府旧址，占地面积10000多平方米，展示面积5000多平方米，展陈区域由五个部分组成：一是苏皖边区革命史陈列；二是李一氓生平事迹陈列；三是刘瑞龙生平事迹陈列；四是苏皖边区政府领导人和部分厅局办公场所原状陈列；五是苏皖边区政府交际处原状陈列。
中华曙猿化石地点位于江苏省常州市溧阳上黄镇水母山，海拔61．6米，属于旧石器时代遗址。1985年发现至1994年，中美科学家先后在此进行科考发掘，发现了距今大约4500万年的哺乳动物化石上万块，包括1500多块牙齿化石，这就是”上黄动物群化石”。其中一种高等灵长类被命名为中华曙猿。所谓“曙猿”，意思就是“类人猿亚目黎明时的曙光”。
青莲岗遗址总面积约4平方公里。中心地带原来地势较高，又名东岗，面积70000平方米，后因历年挖黑土积肥，高墩变成黑土塘。1958年发掘时，探明地面向下2米为洪水冲积的黄褐色淤土，再向下有2米左右的文化层，距今约在6000至7000年。1982年3月调整公布为江苏省第一、二批文物保护单位。2013年5月，青莲岗遗址被列入第七批全国重点文物保护单位。
薛城遗址位于南京市高淳区淳溪街道，是1997年11月发现的6000多年新石器时代古村落的遗址，全国重点文物保护单位，也是南京面积最大、年代最早的史前古文化遗址，距今5500至6300年，是继汤山南京猿人之后南京考古的重大发现。
草鞋山遗址，位于苏州市吴中区唯亭镇东北2公里处，北距阳澄湖650米，因中心有“草鞋山”土墩而得名。遗址分为五个区，文化堆积层厚11米，可分10层，从马家浜文化、崧泽文化、良渚文化到春秋吴越文化，整个序列几乎跨越太湖地区、乃至长江下游一带新石器时代，到先秦历史的全部编年。堆积厚、内涵多，因此也被中国考古界称为“江南史前文化标尺”。2013年，草鞋山遗址被国务院核定为第七批全国重点文物保护单位。
