博物馆展馆建筑面积约1000平方米，展陈面积约900平方米。基本陈列区包括南通中医药总介、南通籍中医药名家墙，南通中医药发展成果区、国医大师朱良春办公故居、清代顺寿堂老药铺、南通籍中医药非物质文化遗产、中药材标本长廊、药用动植物生态园、虫类药展示区、中医养生治未病等经典模块。
长三角地区首家以风筝为主题的博物馆，于2005年5月正式开馆，展厅面积约320平方米。它以挖掘、研究风筝文化为宗旨，以保护、传承南通板鹞风筝艺术为主线，是集参观展览、文化交流、社会教育、制作放飞等综合功能为一体的专题博物馆。 南通风筝博物馆共分四个展厅，栩栩如生的再现了风筝的起源、发展、历史传说等，记载了民间艺术大师的精品代表之作，并以南通特色——板鹞风筝为主。
沈绣博物馆，坐落在江苏省南通市风光秀丽的濠河之畔。这是一座有着百年历史的二层青砖黛瓦红楼建筑，它的前身是近代著名实业家、教育家张謇先生创办的我国第一所刺绣职业教育学校——“南通女红传习所”旧址。现为市级文物保护单位，国家级非物质文化遗产南通沈寿“仿真绣”（沈绣）传承基地。
江苏盆景博物馆占地面积1.42万平方米、展馆建筑面积1.77万平方米，主展馆以“源、流、法、汇、鉴”5个篇章为主线，用实物盆景与图片相结合的方式，展示江苏各大盆景流派的艺术风格和文化底蕴，旨在打造江苏盆景对外展示的第一窗口以及引领乡村振兴、带动花木产业转型升级的重要平台。博物馆用实体盆景与图片相结合的方式，具体介绍了各派系盆景的特点，让游客对盆景艺术有更直观的了解。
1946年7月13日—8月27日华中野战军在粟裕、谭震林的指挥下，以3万兵力迎击美式装备的国民党军12万之众，一个半月内连续作战七次，仗仗奏捷，歼敌53000余人，取得了苏中战役伟大胜利，延安总部发言人高度评价，称其“七战七捷”。苏中七战七捷在政治上、军事上具有极其重要意义。为纪念苏中战役的伟大胜利，南京军区、中共江苏省委、江苏省人民政府于1986年在苏中战役指挥中心——海安兴建纪念馆。
我国第一座纺织专业的科技史博物馆。位于风景秀丽的濠河之畔，与文峰古塔隔河相望。全馆占地2万平方米，建筑面积7000平方米。展厅面积约4000多平方米。馆藏文物1万多件。南通纺织博物馆继承了张謇创办南通博物苑的传统特色——园林化，由著名建筑学家邓林翰先生设计。在上世纪八十年代，曾被评为“南通市十大街景建筑”之一，曾入选《20世纪中国建筑》一书。
南通市城市博物馆地处南濠河黄金地段，与著名的南通博物苑隔河相望。由两院院士吴良镛先生和建筑大师何玉如先生亲自主持设计。博物馆总投资7000多万元，分为东、西两馆，东馆为两幢近代历史建筑改建整修而成，新建的西馆总面积13500平方米。
