唯一一所建在中学校园内的鲁迅纪念馆。以介绍鲁迅生平，以在南京为主；介绍鲁迅作品，以收入中小学教材的为主；纪念鲁迅，以弘扬鲁迅精神，以进行爱国主义教育、革命传统教育为主。2012年，南京鲁迅纪念馆在原有基础上进行了增容扩建，布展面积由原来的70平米增加为220平米，展板内容包含“鲁迅在南京”、“鲁迅与附中”、“与鲁迅相遇在教材”、“与鲁迅同时代的人”四个部分。
南京鼓楼医院历史纪念馆是南京市爱国主义教育基地，依托“马林医院”旧址“1892楼”所建，馆内大量的医院历史资料、文物和老照片展示了鼓楼医院的百年沧桑和西医在中国的发展史。
始建于1951年晓庄师范复校时，附设于晓庄师范校园内，馆内收藏保存陶的一批照片、手稿、遗著和遗物。1980年3月，该馆经整理后重新开放，共展出照片120幅，遗物、遗著200多件。1985年，纪念馆展览室扩建，陈列面积400多平方米，充实了展品内容，展出照片429幅，实物319件。
南京大学拉贝与国际安全区纪念馆（John Rabe and International Safety Zone Memorial Hall），设立于南京市广州路小粉桥1 号的拉贝旧居内，在纪念和宣传约翰·拉贝先生在第二次世界大战期间所表现出的人道主义精神和无私的人类之爱。
2007年12月，江苏警官学院在安德门校区创建了全国唯一指纹专题博物馆—南京中华指纹博物馆，2016年，学院又在浦口校区新建了第二代指纹博物馆。场馆面积2200平方米，展出1千余件实物藏品，共分为6个展厅。
南京古生物博物馆，隶属于中科院南京地质古生物研究所。总建筑面积8500平方米， 其中展览区面积近4200平方米。博物馆以古生物化石为本，以古无脊椎动物、古植物和微体古 生物为主，是目前世界上最大的古生物专业博物馆之一。博物馆藏品丰富，展品精美，其中尤以“澄江动物群”和包括“中华龙鸟”在内的“热河生物群”化石标本最为珍贵，堪称国宝级的化石精品。
