展览展示面积共860平方米，以马家浜、崧泽、良渚三大文化为主线，通过生活场景、房屋遗迹和墓葬复原等方式，采用投影、动漫视频等高新技术手段，结合近年来的考古新发现和研究新成果，合理地安排布局，有机组合了文物、图片、造型艺术和信息装置，做到“藏品展示立体化，版面形式多样化，实物场景一体化，辅展手段科技化”。

第一部分序厅，以投影的方式在中国地图上展示中国考古学六大体系分块，包括重大遗址的分布等；

第二部分展示“江南文化之源”——马家浜文化时期的嘉兴，内容包括马家浜文化命名地、马家浜人的居住环境、马家浜人的生活方式、马家浜人的装饰之美以及马家浜人的葬式习俗等，通过场景复原、器物展示、头骨复原陈列等方式展现了7000年前马家浜人的生活和马家浜人；

第三部分内容为“初兴的祭台——崧泽文化时期的嘉兴”，着重介绍了嘉兴地区崧泽文化遗址的主要分布区、崧泽人的房屋、生活方式以及等级分化等，通过模型展示、动漫视频等方式展现了马家浜文化时期发展至崧泽文化时期，社会生活的显著变化，并为良渚文化的繁盛打下了基础；

第四部分“迈向文明——良渚文化时期的嘉兴”介绍了嘉兴良渚文化时期的辉煌，并且成为良渚文化的次中心区域。土墩聚落、稻米之路、唯玉独尊、在祀与戎等内容无不展示了良渚文化的繁荣昌盛，并为跨入文明社会奠定了最重要的经济基础。