根据“蒲城县崇寿禅院修十二劫塔记碑”记载,该塔为北宋绍圣三年崇寿寺院僧人景深发起并督办,由蒲城延兴村商人王信一人捐资五万金修造而成。明嘉靖三十四年(1555年)关中大震,塔身受损,顶部坍塌。清顺治六年(1649年)吴三桂在屠城时,城内很多群众躲到塔内避难不出,吴三桂下令火焚,塔受到严重破坏。清乾隆三十五年(1770年)县知事藩介和邑绅捐金数百补修塔基。1957年被公布为陕西省重点文物保护单位。1985年7月到1986年10月由长安古建公司对其进行全面维修,塔内装以木制楼梯。1989年10月,崇寿寺塔对外开放。1990年6月崇寿寺塔由蒲城县博物馆进行保护管理。2013年3月被公布为全国第七批重点文物保护单位。