唯一一所建在中学校园内的鲁迅纪念馆。以介绍鲁迅生平，以在南京为主；介绍鲁迅作品，以收入中小学教材的为主；纪念鲁迅，以弘扬鲁迅精神，以进行爱国主义教育、革命传统教育为主。2012年，南京鲁迅纪念馆在原有基础上进行了增容扩建，布展面积由原来的70平米增加为220平米，展板内容包含“鲁迅在南京”、“鲁迅与附中”、“与鲁迅相遇在教材”、“与鲁迅同时代的人”四个部分。
南京鼓楼医院历史纪念馆是南京市爱国主义教育基地，依托“马林医院”旧址“1892楼”所建，馆内大量的医院历史资料、文物和老照片展示了鼓楼医院的百年沧桑和西医在中国的发展史。
南京抗日航空烈士纪念馆位于南京市玄武区紫金山北麓，是世界上首座国际抗日航空烈士纪念馆，首批国家级抗战纪念设施、遗址名录，展示了第二次世界大战期间，中、美、苏等国空军在中华大地上联合抗击侵华日军的英勇历史。2014年9月1日，南京抗日航空烈士纪念馆被国务院列为第一批国家级抗战纪念设施、遗址名录。
明孝陵博物馆位于南京市玄武区钟山风景名胜区内，是关于明太祖朱元璋、世界文化遗产明孝陵和南京明文化的专题展馆，新馆外观采用了明清时期江南地区的建筑风格，白墙、灰瓦、雕花木门、坡顶屋面、马头墙、花格窗等典型元素的运用，使得整体建筑与周边明孝陵遗存的大金门、四方城等文化遗址和草木葱郁的自然环境相协调，这也与600多年前明孝陵“天人合一”的建造理念不谋而合。
孙中山纪念馆，原名藏经楼，位于中山陵与灵谷寺之间的密林中，是一座仿清代喇嘛寺的古典建筑。·主楼高20.8米，顶上盖绿色琉璃瓦，屋脊为黄色琉璃瓦，正脊中央饰有紫铜回轮华盖，非常漂亮。楼内介绍了关于先生生前种种事迹，珍藏了孙中山先生的经典著作和照片等珍贵史料。前广场正中央竖有一尊高2.6米的孙中山先生铜像，楼后有长达125米的碑廊，上刻孙中山先生所著“三民主义”全文。
全国唯一一座综合反映雨花台烈士事迹的革命纪念馆，纪念馆展陈面积3091平方米，分为上下两层，展线长度938米，共分为前厅、序厅、基本陈列、缅怀厅、弘扬厅、家书厅、红色文创七个版块。是全国爱国主义教育示范基地、全国首批廉政教育基地、江苏省首批党性教育现场教学基地。
始建于1951年晓庄师范复校时，附设于晓庄师范校园内，馆内收藏保存陶的一批照片、手稿、遗著和遗物。1980年3月，该馆经整理后重新开放，共展出照片120幅，遗物、遗著200多件。1985年，纪念馆展览室扩建，陈列面积400多平方米，充实了展品内容，展出照片429幅，实物319件。
南京大学拉贝与国际安全区纪念馆（John Rabe and International Safety Zone Memorial Hall），设立于南京市广州路小粉桥1 号的拉贝旧居内，在纪念和宣传约翰·拉贝先生在第二次世界大战期间所表现出的人道主义精神和无私的人类之爱。
2007年12月，江苏警官学院在安德门校区创建了全国唯一指纹专题博物馆—南京中华指纹博物馆，2016年，学院又在浦口校区新建了第二代指纹博物馆。场馆面积2200平方米，展出1千余件实物藏品，共分为6个展厅。
