南京古生物博物馆

南京古生物博物馆，隶属于中科院南京地质古生物研究所。总建筑面积8500平方米， 其中展览区面积近4200平方米。博物馆以古生物化石为本，以古无脊椎动物、古植物和微体古 生物为主，是目前世界上最大的古生物专业博物馆之一。博物馆藏品丰富，展品精美，其中尤以“澄江动物群”和包括“中华龙鸟”在内的“热河生物群”化石标本最为珍贵，堪称国宝级的化石精品。

南京天文历史博物馆

南京天文历史博物馆即为紫金山天文台旧址科普园区，1994年正式对外开放。现为全国文物保护单位。南京天文历史博物馆即为紫金山天文台旧址科普园区，1994年正式对外开放。现为全国文物保护单位。矗立在南京市郊紫金山第三峰天堡山上。占地面积约700平方米。1929年遵照孙中山科学建设中华的遗愿，在老一辈天文学家的关心支持下开始筹建，1934年建成。

南京云锦博物馆

南京云锦博物馆始建于1982年，是国家轻工部拨专款筹建而成的，当时命名为“中国织锦工艺陈列馆”，后改名为“南京云锦博物馆”，与“南京云锦研究所有限公司”同属一套班子管理。馆内荟萃了从战国到明清以来最具代表性的云锦精品实物资料及南京云锦研究所近年来精心复制的我国历代珍贵丝织文物，是一处独具文化内涵和古代科技知识的民族文化遗产。曾先后受北京定陵博物馆、湖南长沙博物馆、美国波斯顿博物馆等国内外知名博物馆委托，复制完成了数百年前甚至更早的古丝织文物，并通过研究复制，进一步挖掘、整理了传统的织造技艺。

南京地质博物馆

南京地质博物馆位于南京市玄武区珠江路，建于1935年，原名中央地质调查所地质矿产陈列馆，是中国历史最悠久的自然科学博物馆之一，也是中国第一个以地质矿产为主要内容的专业博物馆，其前身是1913年成立于的中央地质地质调查所矿产陈列室，是中国地质科学的发源地，也是培养中国地质工作者的摇篮。

南京市江宁区民俗博物馆

江宁区民俗博物馆依托全国重点文物保护单位——杨柳村古建筑群而建，将弘扬、传承民族优秀传统文化与古建保护有机结合，是南京市最早对辖区内非物质文化遗产和民风民俗进行集中展示的场馆。 民俗馆在建设上采取静态展示和动态演示相结合，在还原古建筑原有风貌的基础上，突出民俗文化传承和非物质文化遗产展示。

南京市高淳区博物馆

南京市六合区博物馆

南京市六合区博物馆（南京市六合区文化遗产保护中心）前身为南京市六合区文物保管所，据2020年9月国家文物局信息显示，现有藏品577件/套、珍贵文物179件/套。

南京市溧水区博物馆

南京颜真卿纪念馆

全国唯一保存完好的祭祀唐代杰出的政治家、书法家颜真卿的祠庙遗迹。颜鲁公祠东连乌龙潭公园，南望蛇山，西邻龙蟠里，北依清凉山、虎踞关，清静幽雅，翰墨流香。颜鲁公祠整体占地1800平方米。多年来，南京市文物局和鼓楼区政府数度拨款，全面修复颜鲁公祠，现颜鲁公祠占地1800多平方米，除大殿、配殿、东西厢房和八字墙等均按历史原貌修葺一新外，还新建了门楼、放生井亭和曲廊等建筑，并在此基础上兴建了颜真卿纪念馆基本陈列。

南京傅抱石纪念馆

傅抱石，艺术大师，一九零四年出生，抱石先生一生创作了大量的国画和篆刻作品，辛勤培育了一批美术人才，其散锋笔法别具一格，被誉为抱石皴。先生自一九六三年携家人在此居住、创作，直至一九六五年逝世。文革期间，傅家子女被赶出旧居，云散各处。一九八五年，为纪念傅抱石逝世二十周年，政府拨款维修旧居并筹建傅抱石纪念馆，一九八七年建成开放。首任馆长是傅抱石之子傅二石，第二任馆长是著名山水画家徐善，现任馆长为省国画院副院长薛亮。

求雨山文化名人纪念馆

享誉海内外的“金陵四家”——当代书画艺术大师林散之、胡小石、高二适、萧娴纪念馆于1992—2006年相继在浦口主城风景秀丽的求雨山上建成，已成为国内罕见的纪念馆群落，总称为南京求雨山名人纪念馆。“四馆”占地面积60亩，建筑面积5200㎡。文化广场占地面积25000㎡，绿化覆盖率达90%以上，馆藏一千余件大师级书画珍品，其艺术价值和经济价值不可估量。

南京市江宁区博物馆

江宁博物馆是国家二级博物馆，南京市成立最早的区级博物馆，成立于1958年5月6日，座落在江宁城区东山镇竹山公园秦淮河畔（江宁区竹山路88号）。江宁博物馆由千秋江宁、风流东晋、裴家同书画馆及一个临时展厅组成，馆藏文物达3000余件。2008年，东晋历史文化博物馆与江宁博物馆同址建设，新馆占地面积17.8亩，建筑面积7480平方米。2011年9月28日新馆正式开放。