菏泽历史悠久，文化底蕴深厚。菏泽古称曹州，是伏羲之桑梓，尧舜之故里。“菏泽”原系天然古泽，为济水所汇，年久湮塞，遗址在菏泽市东南15千米处。以水名称县，始于雍正十三年（1735年），曹州升为府，设附郭县，赐名菏泽。自此，“菏泽”作为一个县、市、区的专名一直被沿用。1949年8月，平原省建立，划境内西北部为菏泽专区，治菏泽县。从此，“菏泽”又成为专区或地区级地方名称。
据史书记载，早在四千年以前的新石器时代，先民就在菏泽市境内繁衍生息，保留着许多原始社会的历史遗迹，有牡丹区安邱堌堆、定陶区官堌堆、曹县安陵堌堆、郓城县肖堌堆、东明县窦堌堆、鄄城县历山堌堆等。
